Der Lindenauer Friedhof entstand in der 2. Hälfte des 19. Jahrhunderts, da durch die Zunahme der Bevölkerung der bisherige Begräbnisplatz auf dem Gelände der heutigen Nathanaelkirche keine weiteren Bestattungen mehr zuließ.
Die erste Bestattung auf dem neuen Friedhof fand im Jahr 1866 statt. Durch die im Jahr 1891 erfolgte Eingemeindung Lindenaus in die Leipziger Stadtgemeinde erweitert sich das Areal des Friedhofes bis zu seiner jetzigen Größe von 11 ha.
Mit ca. 6000 Gräbern ist er flächenmäßig der größte kirchliche Friedhof der Stadt Leipzig. Weitläufige Grabanlagen, großzügige Wegeführung und ein alter Baumbestand sind prägend.
Jährlich finden ca. 350 Beisetzungen und Bestattungen statt.
Im Jahr 1894 wurde die Friedhofskapelle gebaut und 1930 erfolgten umfangreiche bauliche Erweiterungen in Bezug auf Architektur und Funktionalität der Kapelle. Außerdem befinden sich auf dem Friedhof einige Grabstätten von berühmten Persönlichkeiten, u.a. die Grabanlage der Diakonissen des gleichnamigen benachbarten Krankenhauses.
Erwähnenswert ist die seit Juni 2005 existierende „Schmetterlingsanlage“ die eine würdevolle Bestattung von fehlgeborenen Kindern unter 500 Gramm ermöglicht. Damit haben die Kinder der Stadt Leipzig und der umliegenden Landkreise einen Bestattungsplatz, an dem man ihrer gedenken kann. Der Initiator dieses Projektes war die Arbeitsgruppe „Schmetterlingskinder“ welche sich im September 2003 unter dem Dach des Hospizvereins Leipzig e.V. gebildet hat.